Wissenschaftler haben Ellen Ripley mit modernster DNA-Technik wieder zum Leben erweckt. Als Mutter eines Aliens dient sie als Forschungsobjekt. Doch nicht nur Ripley wurde geklont, sondern auch die aggressiven Aliens, die prompt entkommen und eine ernsthafte Bedrohung für die Erde darstellen. Nur Ripley, die durch unsauberes Klonen auch Eigenschaften der Aliens abbekommen hat, und ihre bunt zusammengewürfelte Mannschaft, können die Brut stoppen.

200 Jahre nachdem die monströse „Alien“-Gefahr das letzte Mal gebannt wurde, wagen sich einige Wissenschaftler und Militärs auf einer abgelegenen Raumstation an ein verhängnisvolles Experiment: Sie erschaffen aus dem Genmaterial der Aliens und der streitbaren Menschenfrau Ripley eine Klon-Mutation. Die sieht zwar aus wie die gute, alte Ripley und redet auch wie ein Mensch - verfügt aber andererseits über die animalischen Instinkte, die unglaubliche Kraft und absolute Erbarmungslosigkeit der außeridischen Bestien. Als eine Gruppe Weltraumschmuggler auf der Station eintrifft, unter denen sich auch die geheimnisvolle Call und der skrupellose Johner befinden, kommt es zu einem verhängnisvollen Zwischenfall: Einige der Aliens, die die Gentechniker rekonstruiert haben, fliehen aus der Gefangenschaft und beginnen prompt, die menschlichen Besatzungsmitglieder der Station zu dezimieren. Schon bald sind nur noch die Schmuggler und Ripley am Leben, die einen scheinbar aussichtslosen Kampf gegen die Höllenkreaturen beginnen. Und dann beginnt Ripley auch noch ihre andere, dunkle Seite zu entdecken: Tief in ihr ist eine Stimme, die sie überreden will, auf die Seite der Aliens überzulaufen ....